La bacteria en el centro tiene un núcleo, si es procariota no hay histonas, no hay doble membrana nuclear, solo hay un ADN muy enrollado. Eso quiere decir que una bacteria tiene 1 solo cromosoma (DNA cromosómico), rodeando el ácido nucleico está el citoplasma, la única característica relevante es que es un citoplasma fluido, tiene agua, esto es importante porque de eso depende su potencial. Rodeando el citoplasma esta la membrana de la bacteria que es en mosaico fluido. En un lado de la membrana hay un organelo que se llama mesozonas los cuales equivalen a las mitocondrias eucariotas, entonces aquí hay componentes similares. El único organelo que tienen las bacterias son los ribosomas que tienen una subunidad menor y una mayor (16s-23s-5s), dentro del citoplasma de la bacteria hay unos gránulos que almacenan compuestos bioquímicos, como el glucógeno. Rodeando la membrana está el principal organelo de las bacterias que es la pared que tiene muchas funciones: protección de la bacteria, principal receptor para antibióticos.

 (Tolentino, 2016).

La microbiota intestinal está implicada en una gran variedad de funciones en el hospedero, involucrando cambios en el epitelio intestinal, modulación inmune, movimiento intestinal y el metabolismo de algunas drogas. La microbiota también está involucrada en la degradación de algunas toxinas y carcinógenos que se ingieren en la dieta, síntesis de micronutrientes, fermentación de substancias del alimento, ayuda en la absorción de electrolitos y minerales; asimismo afecta el desarrollo y diferenciación de los enterocitos, a través de la producción de ácidos grasos de cadena corta. 

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Las actividades metabólicas de la microbiota intestinal facilitan la extracción de calorías de los alimentos ingeridos y el almacenaje de esas calorías en el tejido adiposo del hospedero, para su posterior utilización y proveen energía y nutrimentos para el desarrollo y proliferación microbiana .

(Mota, 2014).

Las bacterias constituyen una proporción significativa por lo que respecta al peso corporal de los diferentes hospederos (desde 0.5 k hasta unos 2.5 k). Su biomasa total llegó a estimarse en 3.5 × 1014 kg de carbono. Sin embargo, en 2008 solo se aceptaban ~7,000 especies microbianas, versus 300 000 especies de plantas y 1 250 000 de animales, lo cual no refleja la biodiversidad total de las bacterias.

 (Achtman, 2008).

La morfología de los microorganismos puede ser observada a partir de preparados frescos o fijos y, teñidos por algunos de los métodos de tinción conocidas; ya que, por su misma estructura son difíciles de visualizar en su estado natural. Las tinciones biológicas y los procedimientos de tinción en unión con la microscopía de luz son una herramienta básica importante en microbiología, permitiendo estudiar las propiedades de los microorganismos y su división en grupos específicos para propósitos diagnósticos.

 (Triviño, 2011).

En algunas ocasiones, se hace necesario fijar los microorganismos y durante este proceso se produce la muerte celular debido a la coagulación del protoplasma, preservándose la morfología celular, además de, adherirlos a la lámina. El agente más utilizado para fijar es el calor, aunque puede también utilizarse alcohol y otros compuestos químicos que frecuentemente permiten una mejor diferenciación de los detalles como las soluciones de etanol-éter, alcohol sublimado (Cloruro de Mercurio II, Etanol absoluto y agua destilada), y solución de ácido ósmico (vapores)

 (Baggini, 2014).